Флора
Флора высших растений насчитывает 1074 вида, 432 рода и 92 семейства. Здесь встречаются сосудистые растения, мхи, печёночники, антоцеротовые и лишайники. Распространены астровые, бобовые, злаковые, розоцветные, яснотковые, гвоздичные, брассиковые, зонтиковые, норичниковые. Основные виды – эдификаторы (наиболее характерные представители) лесных экосистем: дуб грузинский, дуб крупнопыльниковый, граб кавказский, клен полевой, клен грузинский, клен гирканский, тополь остроплодный, жимолость кавказская, жимолость грузинская, жимолость восточная, жимолость козья другие виды.
В заповеднике произрастают очень редкие реликтовые виды папоротников: ужовник обыкновенный и орляк крымский. Обнаружены 18 видов водорослей. В состав флоры Шикаоха входят также эндемичные виды: груша зангезурская, ежевика Тахтаджяна, тюльпан смешанный, подснежник закавказский, подснежник Артюшенко, симфиандра зангезурская, зверобой Элеоноры и другие.Благодаря мягкому, влажному и умеренно теплому климату здесь сохранился ряд реликтов третичного периода, из которых в Армении наиболее известен тис ягодный . Шикахох – одно из трех мест в республике, где сохранился этот вид.
Из занесенных в красную Книгу Армении 384 – ех видов растений, 70 встречаются на территории заповедника. А, в Красную книгу бывшего СССР занесены 18 видов флоры заповедника. Это бересклет бархатистый, тис ягодный, платан восточный, гранат обыкновенный, хурма обыкновенная (кавказская), дзельква граболистная, можжевельник вонючий, дуб зараженный, инжир, анакамптис пирамидальный, пыльцеголовники крупноцветковый, длиннолистный и красный, лимодорум недоразвитый, офрис оводоносная, пион узколистный, красавка беладонна и мак прицветниковый.
